ჰაერის დაბინძურება დაკავშირებულია ადამიანის ჯანმრთელობის მრავალ დარღვევასთან, მათ შორის ფილტვების, გულ-სისხლძარღვთა და ნერვული სისტემის დაავადებებთან. ჯანმრთელობაზე ზემოქმედების ეფექტი ინდივიდუალურია. მაღალი რისკის ჯგუფები, როგორებიც არიან ხანდაზმულები, ბავშვები, ორსული ქალები და გულისა და ფილტვის ქრონიკული დაავადებების მქონე პირები უფრო მგრძნობიარენი არიან ჰაერის დაბინძურების მიმართ. ბავშვებში, განსაკუთრებით მაღალია დაავადების რისკი, მათი ეზოში (სახლის გარეთ) აქტივობის და ფილტვების განვითარების პროცესის გამო. ჰაერის დაბინძურებამ ადამიანის ჯანმრთელობაზე შეიძლება იქონიოს მწვავე ან/და ქრონიკული ეფექტი. როგორც წესი, მწვავე ეფექტი ვლინდება მაშინვე და ხშირ შემთხვევაში შექცევადი პროცესია, მას შემდეგ, რაც დამბინძურებლის მოქმედება შეწყდება. ქრონიკული ეფექტები, როგორც წესი, დაუყოვნებლივ არ ვლინდება და ხშირად დამბინძურებლების ზემოქმედების დასრულების შემდეგ შექცევადი პროცესი არ არის. ქრონიკული ეფექტების მაგალითებია ფილტვის მოცულობის შემცირება და ფილტვის კიბო, რომელიც ჰაერის ტოქსიკური დამბინძურებლების გრძელვადიანი ზემოქმედების შედეგია. ჰაერის დაბინძურების ჯანმრთელობაზე გავლენის შეფასების სამეცნიერო ტექნიკა მოიცავს ჰაერის დაბინძურების მონიტორინგს, დამბინძურებლის მოქმედების შეფასებას, დოზიმეტრიას, ტოქსიკოლოგიას და ეპიდემიოლოგიას.

მიუხედავად იმისა, რომ დამბინძურებლებმა შესაძლოა გავლენა იქონიონ კანზე, თვალებსა და სხვა სისტემებზე, ისინი ძირითად მავნე გავლენას ახდენენ სასუნთქ სისტემაზე. ჰაერის შესუნთქვა ხდება ცხვირით, რომელიც მოქმედებს, როგორც პირველადი ფილტრაციის სისტემა. ცხვირში არსებული პატარა თმები, სითბო და ტენიანი გარემო ეფექტურად აშორებს მსხვილ დამაბინძურებელ ნაწილაკებს. ტრაქეას შესასვლელთან მისვლამდე ჰაერი გაივლის ხორხს, საყლაპავ მილსა და ხახას. ტრაქეა დაყოფილია ორ ნაწილად, მარჯვენა და მარცხენა ბრონქად. თითოეული ბრონქი დაყოფილია უფრო მცირე კომპონენტებად. ყველაზე პატარა ნაწილს ჰქვია ბრონქიოლები, რომლებიც შეიცავენ მილიონობით ჰაერის ბუშტს, სახელად ალვეოლებს. ბრონქიოლები და ალვეოლები ქმნიან ფილტვებს.

როგორც აირადი დამბინძურებლები, ისე მყარი ნაწილაკები აბინძურებენ ჰაერს, რომელსაც აქვს ნეგატიური გავლენა ფილტვებზე. მყარი ნაწილაკები შესაძლოა განთავსდნენ ტრაქეის, ბრონქის და ბრონქიოლის კედლებზე. აღნიშნული ნაწილაკების უმეტესი წილი ამოიღება ფილტვებიდან  ეპითელიუმის წამწამების და უჯრედებზე არსებული პატარა თმების (რომელიც განლაგებულია სასუნთ გზებზე) მიერ წმენდის პროცესში. აღნიშნული პროცესი ვითარდება ცემინების და ხველის დროს.

ცემინება და ხველა აბრუნებს ნაწილაკებს პირში. იქიდან ისინი მარტივად გადაიყლაპება ან გამოიდევნება ორგანიზმიდან. თუმცა, პატარა ნაწილაკებმა შესაძლოა მიაღწიონ ალვეოლას, საიდანაც შეიძლება კვირები, თვეები, ან თუნდაც წლები დასჭირდეს მათი სხეულისგან გამოდევნას. დაბინძურებულმა აირებმა შეიძლება, ასევე დაარღვიონ ფილტვების ფუნქცია ეპითელიუმის წამწამების ფუნქციონირების შეფერხებით. დაბინძურებული ჰაერის უწყვეტმა შესუნთქვამ შეიძლება შეანელოს წმენდის ნორმალური ფუნქცია და გამოიწვიოს ფილტვების უმცირეს ნაწილებში უფრო მეტი რაოდენობის მყარი ნაწილაკების მოხვედრა.

ფილტვები პასუხისმგებელია ჰაერიდან ჟანგბადის შეწოვაზე და სისხლის მიმოქცევიდან ნახშირორჟანგის გამოდევნაზე. დაბინძურებულმა ჰაერმა შეიძლება გამოიწვიოს რესპირატორული დაავადებები, როგორიცაა ბრონქიტი, ემფიზემა ან კიბო. ასევე, შესაძლოა გამოიწვიოს გულ-სისხლძარღვთა სისტემის ფუნქციის მოშლა.

ჰაერის მავნე დამბინძურებლებმა შესაძლოა, გამოიწვიოს სხვა და ზოგიერთი იშვიათი, მაგრამ პოტენციურად საშიში დაავადება, მათ შორის კიბო და იმუნური სისტემის დაზიანება, ნევროლოგიური, რეპროდუქციული და განვითარების პრობლემები. ჰაერის გარკვეული დამბინძურებლების მწვავე ზემოქმედებამ შესაძლოა გამოიწვიოს უეცარი სიკვდილი.